A három Középdöntőben összesen 90 ninja-jelölt lép a pályára. Minden héten 30 versenyző küzd a döntőbe jutásért, amihez egy 9 akadályból álló pályán kell minél jobb eredményt elérni. A Döntőbe a páholyon át vezet az út. Itt mindig a legjobb 20 versenyző ül majd. Ezután megkezdődik az ádáz küzdelem, hiszen minden további versenyző előtt nyitva áll az út a döntősök páholyába. De csak az ülhet be, aki teljesítményével túlszárnyalja, és ezzel kiejti onnan az épp utolsó helyen álló ninja-jelöltet. Így végül a három Középdöntő során legjobban teljesítő 20 harcos jut a Ninja Warrior Döntőjébe.